Die GEKE bezieht seit 2020 im Young Theologians-Programm junge Menschen in ihre Arbeit ein. Junge Theologinnen und Theologen aus unterschiedlichen Mitgliedskirchen im Alter von 21 bis 35 Jahren treffen in diesem Programm zusammen und erleben die Vielfalt des europäischen Protestantismus im persönlichen Austausch mit Gleichgesinnten.

Die Mitglieder werden in verschiedene Arbeitsbereiche der GEKE involviert, womit auch sichergestellt wird, dass die Stimme der jungen Generation in verschiedenen Prozessen gehört wird.

Die Young Theologians engagieren sich alle ehrenamtlich in diesem Projekt, was ihnen die Möglichkeit bietet, die Vielfalt des europäischen Protestantismus kennenzulernen und gleichzeitig eine wichtige Verbindung zwischen der GEKE und ihren jeweiligen Kirchen aufzubauen. Zusätzlich zu diesem Programm arbeitet die GEKE mit dem Centro Melantone in Rom und dem Zentrum für Ostprotestantische Theologie (ZETO) in Sibiu im Bereich der theologischen Ausbildung zusammen, um protestantische Theologiestudien in überwiegend katholischen und orthodoxen Umfeldern zu fördern.