Rat
Die GEKE hat eine klare Struktur. Eine Generalversammlung legt etwa alle sechs Jahre die grundlegenden Leitlinien für ihre Arbeit fest. Der 13-köpfige Rat unter der Leitung eines dreiköpfigen Präsidiums leitet die Arbeit zwischen den Generalversammlungen, die von der Geschäftsstelle in Wien koordiniert wird.
Die GEKE-Ratsmitglieder

Ingrid Bachler (Österreich, Lutherisch)

Dimitrios Boukis (Griechenland, Reformiert)

Nathan Eddy (Großbritannien Uniert)

Rita Famos (Schweiz, Reformiert) - GEKE-Präsidentin

Annette Gruschwitz (Deutschland, Methodistisch)

Eva Guldanová (Slowakei, Lutherisch)

Tamás Kodácsy (Ungarn, Reformiert)

Georg Plasger (Deutschland, Reformiert) - GEKE-Präsident

Thomas Prieto Peral (Deutschland, Lutherisch)

Ulrich Rüsen-Weinhold (Frankreich, Uniert)

Ulrike Scherf (Deutschland, Uniert)
Marko Tiitus (Estland, Lutherisch) - GEKE-Präsident
Stellvertretende Ratsmitglieder

Marko Schaefer (Deutschland, Uniert)

Pawel Andrzej Gajewski (Italien, Uniert)

Marco Batenburg (Niederlande, Uniert)

Martin Hirzel (Schweiz, Reformiert)
Jørgen Thaarup (Denmark, Methodist)

Jana Hofmanová (Tschechien, Uniert)

Klára Tarr-Cselovszky (Ungarn, Lutherisch)

Susanne Bei der Wieden (Deutschland, Reformiert)
Raphael Quandt (Deutschland, Lutherisch)

Petra Magne de la Croix (Frankreich, Uniert)

Frank Kopania (Deutschland, Lutherisch )

Gerhard Servatius-Depner (Rumänien, Lutherisch)
Struktur
Und so funktioniert die GEKE: Von der Geschäftsstelle ausgehend, werden die Treffen des Rates organisiert. Das Generalsekretariat stimmt mit dem Präsidium (das ebenfalls Teil des Rates ist), sämtliche Entscheidungen und Schritte ab. Alles, was im Rahmen der GEKE erarbeitet wird, wird bei der alle etwa sechs Jahre stattfindenen Vollversammlung abgesegnet bzw. werden neue Themen definiert.
Inhaltlich arbeitet die GEKE an konfessionellen Lehrgesprächen und Studienprozessen, Konsultationen und Arbeitsgruppen, die mit der aktuellen Situation der Kirchen zu tun haben. Ökumenische, liturgische, ethische und religionspädagogische Themen sowie Fragen zur Migration werden mit eigenen Fachbeiräten (s. AB - Advisory Boards) erarbeitet und diskutiert.
Die 96 Mitgliedskirchen sind in europäische Regionalgruppen eingeteilt.
Die GEKE hat acht Kooperationspartner.

